Program Doktor (S3) Terapan Sistem Siber-Fisik (SSF) Politeknik Elektronika Negeri Surabaya (PENS) merupakan program Pendidikan Doktor Terapan pertama di Indonesia. SSF telah menjadi pilar utama yang mendukung berbagai inovasi teknologi yang mengubah cara kita hidup, bekerja, dan berinteraksi dalam era digital saat ini. SSF mengintegrasikan dunia fisik dengan komputasi dan komunikasi untuk menciptakan sistem yang cerdas dan responsif. Program Doktor (S3) Terapan Sistem Siber-Fisik dirancang untuk melahirkan ahli yang mampu memimpin pengembangan dan implementasi solusi SSF di berbagai sektor/bidang seperti berikut ini, namun tidak terbatas pada: aerospace, otomotif, proses kimia, infrastruktur sipil, energi, robotika, kesehatan, industri, manufaktur, transportasi, lingkungan, teknologi permainan, peralatan consumer, pangan (agrikultur dan akuakultur), pertahanan dan keamanan, kebencanaan. Program ini menjalin kemitraan dengan berbagai industri, lembaga penelitian, dan universitas baik dalam negeri maupun luar negeri. Mahasiswa didorong untuk berkolaborasi dalam proyek penelitian, mengikuti konferensi internasional, dan mempublikasikan hasil penelitian mereka di jurnal bereputasi. Selain itu, program ini menawarkan dukungan pengembangan karir melalui lokakarya, jaringan profesional, dan bimbingan dari para ahli di bidangnya.